Γενική Συνέλευση, Διοικητικό Συμβούλιο, Επιτροπές και Εκπρόσωποι Επαρχιών.
Ο Σ.Ε.Μ.Η.Ε.Κ. οργανώνεται σε διακριτά επίπεδα, ώστε η λήψη αποφάσεων και η καθημερινή εξυπηρέτηση των μελών να γίνονται με συνέπεια.
Καθορίζει την πολιτική του Συνδέσμου και εκλέγει το Διοικητικό Συμβούλιο κάθε διετία.
Χαράσσει τη στρατηγική και εποπτεύει τη λειτουργία των επιτροπών.
Εξειδικευμένες ομάδες εργασίας που παρακολουθούν κάθε τομέα και εισηγούνται στο Διοικητικό Συμβούλιο.
Συντονίζουν τα μέλη σε τοπικό επίπεδο.
Τηρεί αρχεία και διεκπεραιώνει τις εργασίες του Συνδέσμου, με τη στήριξη της ΟΕΒ.
Κάθε επιτροπή απαρτίζεται από μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου, έχει τη δική της εξειδίκευση και είναι υπόλογη στο Δ.Σ.
11 μέλη και 2 επιλαχόντες, εκλεγμένα από τη Γενική Συνέλευση. Η σύνθεση ενημερώνεται από τη γραμματεία μετά από κάθε αρχαιρεσία.
Το Διοικητικό Συμβούλιο όρισε εκπρόσωπο σε κάθε επαρχία, ο οποίος συντονίζει τα μέλη σε τοπικό επίπεδο και μεταφέρει τα θέματά τους στην ολομέλεια του Δ.Σ.
Οι δύο ιδρυτικοί σύνδεσμοι λειτουργούν από το 1959 και το 1973. Ακολουθεί η καταγεγραμμένη διαδοχή προέδρων.
